Bayerns Naturdenkmäler beweisen, dass die Naturgeschichte Bayerns seit Jahrmillionen im Wandel ist. Bernhard Rübe stellt einige dieser unter Naturschutz stehenden Landschaftselemente vor. Im ersten Teil geht der Filmemacher dem Ursprung des Kalks in der Alpenregion und dessen Abtragung durch Quell- und Sickerwasser, seiner zerstörerischen Kraft und der Neubildung in den Voralpenregionen Südbayerns nach. Als Eis und in flüssiger Form zersetzt es, hinterlässt auf seinem Weg viele kleine Naturwunder, begründet die Lebenswelt der Alpenflüsse und legt die landschaftlichen Grundlagen für Seen, Täler und Wälder. Das Wasser schafft Tuffformationen, gräbt sich durch Felsmassive und Moränenhügel und füllt Gletschermulden. Seen entstehen, verlanden und lassen Hochmoore gedeihen. Der heutige Zustand dieser Naturdenkmale ist aber nur eine Momentaufnahme des Zusammenspiels der Elemente. Kalk ist ein Baumeister der bayerischen Landschaften: Die kalkigen Sedimentschichten des vor 135 Millionen Jahren verlandeten Jurameeres werden weiterhin angehoben, abgetragen, verfrachtet, modelliert, neu geformt und verkarstet. Regen durchsickert sie, schafft atemberaubende Höhlensysteme, bricht sich in kristallklaren Karstquellen Wege an die Oberfläche. Gletscher verfrachteten das abgetragene Sediment aus den Alpen und formten eine Moränenlandschaft. Grundlage für Wälder, uralte Bäume, artenreiche Trockenrasen und Feuchtwiesen. Auch Vulkane, gebackene und verwehte Silikatsande, an die Oberfläche gewandertes Tiefengestein und sogar ein Gesteinsbrocken aus dem Weltall schufen das Gerüst für biologische Prozesse, die das heutige Gesicht Bayerns prägen. Alle ausgewählten Naturdenkmäler sind geologische Grundlage für ganz eigene, oft hoch spezialisierte Tier- und Pflanzengesellschaften, die dort nur existieren können, weil Wasser, Wetter und Gestein ihnen einen besonderen Boden bereitet haben.
